La scuola primaria del Collegio Sant'Antonio ha un’organizzazione a tempo pieno, dal lunedì al venerdì. E' costituita da due sezioni, tranne per le prime classi dell'anno scolastcio 2010-2011 che sono tre. In ogni classe c'è l'insegnante titolare con cui collaborano i docenti di inglese, religione, musica e informatica.
La scuola primaria forma, insieme a scuola dell'infanzia e scuola secondaria di I grado, l'Istituto Comprensivo guidato dalla preside Miriam Colombo. Coordinatore educativo è fr.Marco Albani.