La scuola primaria del Collegio Sant'Antonio ha un’organizzazione a tempo pieno, dal lunedì al venerdì. Dal 2010-2011 abbiamo anche la sezione "C". In ogni classe c'è l'insegnante titolare con cui collaborano i docenti di inglese, religione, musica e informatica.
La scuola primaria forma, insieme a scuola dell'infanzia e scuola secondaria di I grado, l'Istituto Comprensivo guidato dalla preside Miriam Colombo. Coordinatore educativo è fr.Marco Albani.