La scuola dell'infanzia è l'ultima arrivata nel Collegio Sant'Antonio: i primi bambini hanno iniziato la loro avventura nell'Istituto nell'anno 2001-2002.
Dall'anno scolastico 2009-2010 l'organizzazione della scuola scuola dell'infanzia prevede tre sezioni (Gialla, Arancio, Azzurra) composte da bambini di età eterogenee. Ogni sezione è gestita da una maestra prevalente aiutata da un'insegnante jolly. Sono presenti anche 3 docenti specialisti (per attività motoria, inglese, religione e musica).
La scuola dell'Infanzia forma, insieme a scuola primaria e scuola secondaria di I grado, l'Istituto Comprensivo guidato dalla preside Miriam Colombo. Coordinatore educativo è fr.Marco Albani